1937年10月，在全面抗战之际，延安发生了抗日军政大学第六队队长黄克功因逼婚而枪杀女青年案件。凶手黄克功是红军团长战斗功臣，被害者是由太原投奔延安参加革命的16岁女青年刘茜。如何审判黄克功？成立才两个月的陕甘宁边区高等法院，院长不在，重任落到审判长雷经天身上。雷经天曾参加过南昌起义、广州起义、百色起义，与黄克功一同走过长征路。红军法官要审判红军将领，简陋的边区法院从未经历如此大案。毛泽东、贺子珍、张闻天、胡耀邦都不可回避地参与此案。面对国内外的舆论，面对愤怒的学生、百姓，面对老红军的请求，雷经天承受各方压力，采用公开审理，民主判决的方法审判此案。在陕北公学的操场上，二千多人参加，胡耀邦作为代表公诉人发言，有12位群众代表发言，黄克功当庭辩论，最后审判庭五人展开了激烈争辩……黄克功一直在期待毛主席的特赦令，终于毛泽东的复信来了，在大会上宣读，他赞成处黄克功以极刑，没有赦免他。 　　《黄克功案件》明写雷经天，暗写毛泽东，通过对黄克功案的处理，表现了毛泽东的大情怀和大境界。毛泽东对黄克功同样有感情：黄克功同他一起上井冈山，是夫人贺子珍的江西同乡，长征中又为病中的贺子珍抬担架，同时黄克功更是一个能征善战的勇将。但毛泽东痛恨革命队伍中居功自傲的人、用特权庇护自己的人、伤害人民的人。毛泽东坚持要雷经天公开审判，此中蕴含深意。剧中他对洛甫说：“这可不是审判一个黄克功，是全民、全国在审判我们延安政权是一个什么样的政权，我们是一个什么样的政党，要带出一支什么样的军队。”当收到黄克功请求戴罪上战场杀敌立功的上诉书时，他写了回信，并且要求雷经天在宣读判决书时当众宣读：“共产党与红军，对于自己的党员与红军成员不能不执行比较一般平民更加严格的纪律……一切共产党员，一切红军指战员，一切革命分子，都要以黄克功为前车之鉴。”雷经天宣读完毛泽东的信之后说：“如果我们今天不判黄克功死刑，就是判了我们未来的死刑！”说罢，雷经天敲响了操场上的一口大钟。